โอเมโทพริมเป็นสารต้านเชื้อแบคทีเรียที่ใช้หลักในการแพทย์สัตว์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและปศุสัตว์ มักใช้ร่วมกับซัลฟาดิเมทอกซินเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการต่อสู้กับการติดเชื้อแบคทีเรียชนิดต่าง ๆ ในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ ใช้รักษาโรคในปลา เช่น โรคแผลเน่า (furunculosis) และการติดเชื้อแบคทีเรียอื่น ๆ ซึ่งช่วยเพิ่มอัตราการรอดชีวิตและสุขภาพโดยรวม ในปศุสัตว์ ใช้ควบคุมการติดเชื้อทางเดินหายใจและทางเดินอาหาร เพื่อส่งเสริมการเจริญเติบโตและผลผลิตที่ดีขึ้น ความสามารถในการยับยั้งไดไฮโดรโฟเลต เรดักเตสของแบคทีเรีย ทำให้มีประสิทธิภาพในการป้องกันและรักษาการติดเชื้อจากสิ่งมีชีวิตที่ไวต่อยา การใช้ขนาดยาที่เหมาะสมและปฏิบัติตามแนวทางกำกับดูแลเป็นสิ่งสำคัญเพื่อลดความเสี่ยงของการเกิดเชื้อดื้อยา