4-Amino-2,6-difluorophenol hydrochloride ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญทางเภสัชกรรม (APIs) ต่าง ๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา รวมถึงสารต้านจุลินทรีย์และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนในเคมียารักษา อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้ ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในกระบวนการค้นพบและพัฒนายา