3-Benzyloxy-5-acetylisoxazole ใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและการสังเคราะห์สารใหม่ๆ โดยเฉพาะในกระบวนการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อน ซึ่งอาจมีศักยภาพในการรักษาโรคหรือการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมยา นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการศึกษากลไกการเกิดปฏิกิริยาเคมีและการปรับปรุงกระบวนการสังเคราะห์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดต้นทุน