ไซโคลกัวนิล ไฮโดรคลอไรด์ใช้หลักในการเป็นยาต้านมาลาเรีย มีประสิทธิภาพในการรักษาและป้องกันโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะในพื้นที่ที่ปรสิตพัฒนาความต้านทานต่อยาอื่น ๆ สารนี้ทำงานโดยยับยั้งเอนไซม์ไดไฮโดรโฟเลต รีดักเทส ซึ่งจำเป็นสำหรับการสังเคราะห์โฟเลตในปรสิตมาลาเรีย ทำให้หยุดการเจริญเติบโตและการสืบพันธุ์ของปรสิต

นอกจากคุณสมบัติต้านมาลาเรียแล้ว ไซโคลกัวนิล ไฮโดรคลอไรด์ยังถูกสำรวจสำหรับการใช้ในการรักษาการติดเชื้อปรสิตอื่น ๆ การวิจัยบ่งชี้ถึงประสิทธิภาพของมันต่อการติดเชื้อโปรโตซัวบางชนิด ซึ่งขยายการประยุกต์ใช้เกินกว่ามาลาเรีย

สารนี้มักใช้ร่วมกับยาต้านมาลาเรียอื่น ๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดความเสี่ยงของการพัฒนาความต้านทาน นอกจากนี้ ยังใช้ในโปรแกรมป้องกันสำหรับบุคคลที่เดินทางไปยังพื้นที่เสี่ยงมาลาเรีย เพื่อเป็นมาตรการป้องกันโรค

โดยรวมแล้ว ไซโคลกัวนิล ไฮโดรคลอไรด์มีบทบาทสำคัญในการจัดการและควบคุมมาลาเรีย สนับสนุนความพยายามด้านสาธารณสุขในการต่อสู้กับโรคนี้ที่แพร่กระจายและคุกคามชีวิต