ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์ยาฟลูออรีน โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีโครงสร้างฐานควิโนลินซึ่งมีเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น โครงสร้าง difluoroacetate ช่วยเพิ่ม lipophilicity และความต้านทานต่อการย่อยสลายแบบออกซิเดชัน ทำให้มีคุณค่าในเคมีเภสัชกรรมสำหรับการปรับปรุงยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคติดเชื้อและมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีความคงทนในสิ่งแวดล้อมและประสิทธิภาพที่สูงขึ้น