Pneumocandin B0 ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาต้านเชื้อราที่สำคัญ เช่น caspofungin ซึ่งเป็นยาที่ใช้รักษาการติดเชื้อราในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วยโรคเอดส์หรือผู้ที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาวิจัยเพื่อพัฒนายาต้านเชื้อราตัวใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงและมีผลข้างเคียงน้อยลง เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีลักษณะเฉพาะของ Pneumocandin B0 ทำให้มันเป็นสารที่มีศักยภาพในการยับยั้งการสร้างผนังเซลล์ของเชื้อรา ซึ่งเป็นกลไกสำคัญที่ทำให้เชื้อราไม่สามารถเจริญเติบโตและแพร่กระจายได้