ไอซาวูโคนาโซลใช้ในการรักษาและการป้องกันการติดเชื้อราในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วยที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ ผู้ป่วยมะเร็งที่กำลังได้รับการรักษาด้วยเคมีบำบัด หรือผู้ป่วยโรคเอดส์ ตัวยินี้มีประสิทธิภาพในการต่อต้านเชื้อราหลายชนิด รวมถึง Aspergillus และ Candida ซึ่งมักก่อให้เกิดการติดเชื้อรุนแรงในผู้ป่วยกลุ่มนี้ นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาโรค aspergillosis และ mucormycosis ซึ่งเป็นโรคติดเชื้อราที่พบได้ไม่บ่อยแต่มีความรุนแรงสูง ไอซาวูโคนาโซลทำงานโดยยับยั้งการสังเคราะห์เออร์โกสเตอรอล ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของเยื่อหุ้มเซลล์เชื้อรา ทำให้โครงสร้างเสียหายและนำไปสู่การตายของเซลล์ มีกิจกรรมต้านเชื้อราแบบครอบคลุมและมีโปรไฟล์ความปลอดภัยที่ดี ทำให้เป็นตัวเลือกที่มีค่าในการจัดการการติดเชื้อราในระบบ ไอซาวูโคนาโซลมีรูปแบบการบริหารทั้งแบบรับประทานและแบบฉีด ทำให้สะดวกในการใช้กับผู้ป่วยที่มีภาวะสุขภาพแตกต่างกัน