Anidulafungin ใช้หลักในการรักษายาแก้เชื้อราเพื่อรักษาการติดเชื้อรารุนแรง โดยเฉพาะที่เกิดจากเชื้อ Candida มักให้ในสถานพยาบาลสำหรับผู้ป่วยที่มี candidiasis แบบรุกล้ำ รวมถึง candidemia และรูปแบบอื่นๆ ของการติดเชื้อ Candida ในกระแสเลือด ช่องท้อง หรืออวัยวะภายในอื่นๆ ยานี้มีประสิทธิภาพต่อเชื้อที่อาจดื้อยา antifungal อื่นๆ ทำให้เป็นตัวเลือกสำคัญในการจัดการการติดเชื้อที่รักษายาก มักให้ทางหลอดเลือดดำและได้รับความนิยมเนื่องจากมีปฏิกิริยาระหว่างยาน้อยและความเสี่ยงผลข้างเคียงค่อนข้างต่ำเมื่อเทียบกับยา antifungal อื่นๆ Anidulafungin ยังใช้เป็นการรักษาแบบป้องกันในผู้ป่วยเสี่ยงสูง เช่น ผู้ที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะหรือเคมีบำบัด เพื่อป้องกันการติดเชื้อรา กลไกการออกฤทธิ์ที่เจาะจง โดยยับยั้งการสังเคราะห์ผนังเซลล์รา ทำให้มีประสิทธิภาพสูงต่อสเปกตรัมกว้างของเชื้อ Candida