ฟอสฟลูโคนาโซล (Fosfluconazole) ใช้หลักในการแพทย์เป็นยาต้านเชื้อรา เป็นโปรดรักของฟลูโคนาโซล (prodrug of fluconazole) ซึ่งหมายความว่ามันจะถูกแปลงเป็นฟลูโคนาโซลในร่างกาย การแปลงนี้ช่วยให้มีการปล่อยตัวยาที่ออกฤทธิ์อย่างควบคุมและยั่งยืน เพิ่มประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อรา

การประยุกต์ใช้หลักคือในการรักษาการติดเชื้อราระบบ (systemic fungal infections) เช่น ที่เกิดจากเชื้อ Candida ซึ่งอันตรายมากในผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่น ผู้ป่วย HIV/AIDS หรือผู้ที่กำลังรับเคมีบำบัด นอกจากนี้ยังใช้ป้องกันการติดเชื้อราในผู้ป่วยเสี่ยงสูง เช่น ผู้ที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะหรือผ่าตัดใหญ่

นอกจากการติดเชื้อราระบบ ฟอสฟลูโคนาโซลยังใช้รักษาการติดเชื้อราในเยื่อเมือก (mucosal fungal infections) รวมถึงเชื้อราในช่องปาก (oral thrush) และ candidiasis ในหลอดอาหาร ความสามารถในการให้ทางหลอดเลือดดำ (intravenously) ทำให้เป็นตัวเลือกที่มีค่าในผู้ป่วยที่ไม่สามารถรับประทานยาได้

โดยรวม ฟอสฟลูโคนาโซลมีบทบาทสำคัญในการจัดการและป้องกันการติดเชื้อรารุนแรง โดยเฉพาะในกลุ่มผู้ป่วยเปราะบาง คุณสมบัติโปรดรักช่วยปรับปรุงเภสัชจลนศาสตร์ ทำให้เป็นตัวเลือกที่น่าเชื่อถือในสถานพยาบาล มักใช้ในกรณีที่เชื้อราดื้อยาหรือไม่ตอบสนองต่อยาต้านราอื่น ๆ รวมถึงการติดเชื้อราในสมอง ซึ่งเป็นภาวะอันตรายที่ต้องการการรักษาเร่งด่วน