อะลิโคนาโซลใช้เป็นสารป้องกันและรักษาโรคพืชที่เกิดจากเชื้อรา โดยเฉพาะในพืชผลและไม้ประดับ ช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อราที่ทำให้เกิดโรค เช่น โรคราแป้ง โรคใบจุด และโรคเน่า สามารถใช้ได้ทั้งการพ่นบนใบพืชและราดลงดินเพื่อป้องกันการแพร่กระจายของเชื้อรา อะลิโคนาโซลยังมีประสิทธิภาพในการควบคุมเชื้อราที่ดื้อยาได้ดี จึงเป็นทางเลือกสำคัญในการจัดการโรคพืชในเกษตรกรรม