(-)-Ketoconazole ใช้เป็นยาต้านเชื้อราในทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการรักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อราที่หลากหลาย เช่น กลาก เกลื้อน และการติดเชื้อยีสต์ รวมถึงที่เกิดจากเชื้อ Candida ยานี้มีประสิทธิภาพในการยับยั้งการสังเคราะห์เออร์โกสเทอรอล ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของเยื่อหุ้มเซลล์เชื้อรา ส่งผลให้เซลล์เชื้อราตาย

ในด้านโรคผิวหนัง มักใช้ทาเฉพาะที่ในรูปแบบครีม แชมพู หรือเจล เพื่อรักษาการติดเชื้อราที่ผิวหนังและหนังศีรษะ สำหรับการติดเชื้อในระบบ สามารถให้ทางปากได้ แม้ว่าจะไม่ค่อยใช้เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงต่อตับ

นอกจากนี้ (-)-Ketoconazole ยังถูกศึกษาคุณสมบัติต้านแอนโดรเจน ทำให้มีประโยชน์ในการจัดการภาวะเช่น กลุ่มอาการคุชชิ่ง และมะเร็งที่ขึ้นกับฮอร์โมนบางชนิด เช่น มะเร็งต่อมลูกหมาก โดยยับยั้งการผลิตแอนโดรเจนผ่านการรบกวนกระบวนการสเตียรอยด์เจเนซิส ซึ่งช่วยควบคุมอาการในภาวะเหล่านี้

ในสัตวแพทย์ ยังใช้รักษาการติดเชื้อราในสัตว์ โดยเฉพาะสัตว์เลี้ยงเช่นสุนัขและแมว กิจกรรมต้านเชื้อรากว้างของยาทำให้เป็นตัวเลือกที่หลากหลายทั้งในมนุษย์และสัตว์