นิทิโคนาโซล ไฮโดรคลอไรด์ใช้เป็นสารต้านเชื้อราในทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการรักษาโรคผิวหนังที่เกิดจากเชื้อรา เช่น กลาก เกลื้อน และเชื้อราที่เล็บ นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการรักษาการติดเชื้อราในช่องคลอดและบริเวณอวัยวะเพศ ยานี้มีประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อราโดยเฉพาะกลุ่ม Dermatophytes และยีสต์ โดยการยับยั้งการสังเคราะห์เออร์โกสเตอรอล ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของเยื่อหุ้มเซลล์เชื้อรา ทำให้เซลล์เชื้อราแตกสลาย มักอยู่ในรูปแบบครีม โลชั่น หรือสเปรย์สำหรับใช้ภายนอก การใช้งานควรอยู่ภายใต้คำแนะนำของแพทย์หรือเภสัชกรเพื่อป้องกันผลข้างเคียงและให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด นอกจากนี้ยังใช้ในสัตว์เพื่อรักษาการติดเชื้อรา