ไมคาฟุงจินเป็นยาต้านเชื้อราที่ใช้ในการรักษาและป้องกันการติดเชื้อราที่รุนแรง โดยมีประสิทธิภาพสูงต่อเชื้อราในกลุ่ม Candida รวมถึงสายพันธุ์ที่ดื้อยาต้านเชื้อราอื่นๆ ยานี้มักให้ทางหลอดเลือดดำในสถานพยาบาลสำหรับผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วยที่ได้รับเคมีบำบัด การปลูกถ่ายอวัยวะ หรือผู้ป่วย HIV/AIDS นอกจากนี้ยังใช้รักษา invasive candidiasis และ esophageal candidiasis รวมถึงใช้เป็นยาป้องกันในผู้ป่วยเสี่ยงสูง เช่น ผู้ป่วยที่ได้รับการปลูกถ่ายสเต็มเซลล์ กลไกการออกฤทธิ์คือการยับยั้งการสังเคราะห์เบต้า-กลูแคน ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของผนังเซลล์เชื้อรา นำไปสู่การแตกของเซลล์และการตาย เนื่องจากมีฤทธิ์เฉพาะเจาะจงและมีความเป็นพิษต่ำ จึงถือเป็นตัวเลือกที่ปลอดภัยกว่ายาต้านเชื้อราอื่นๆ ในบางสถานการณ์ทางคลินิก นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพต่อเชื้อ Aspergillus ซึ่งเป็นสาเหตุของการติดเชื้อในกระแสเลือดและอวัยวะภายใน และต้องให้ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิดเพื่อป้องกันผลข้างเคียง