ฟลูโคนาโซล ไฮเดรต เป็นยาต้านเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาและป้องกันการติดเชื้อราต่างๆ มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อที่เกิดจากเชื้อราในกลุ่ม Candida เช่น เชื้อราปาก (oral thrush) คันดิดาในหลอดอาหาร (esophageal candidiasis) และการติดเชื้อราในช่องคลอด (vaginal yeast infections) นอกจากนี้ ยังใช้รักษาเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากคริปโตค็อกคัส (cryptococcal meningitis) ซึ่งเป็นการติดเชื้อราร้ายแรงของสมองและไขสันหลัง ในสถานพยาบาล มักให้ยานี้แก่ผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ที่กำลังได้รับเคมีบำบัด ผู้ปลูกถ่ายอวัยวะ หรือผู้ติดเชื้อ HIV/AIDS เพื่อป้องกันการติดเชื้อราแบบ opportunist ยามีรูปแบบการให้ยาหลากหลาย เช่น ยาเม็ดรับประทาน น้ำแขวนตะกอน และฉีดเข้าหลอดเลือดดำ เพื่อความยืดหยุ่นในการรักษาตามความต้องการของผู้ป่วย กิจกรรมต้านเชื้อราแบบ broad-spectrum และพิษต่ำค่อนข้าง ทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบทั้งในสถานพยาบาลและการรักษานอกสถานที่