มิลนาซิปรานใช้หลักในการรักษา fibromyalgia ซึ่งเป็นภาวะเรื้อรังที่เป็นลักษณะด้วยอาการปวดกระจายทั่วร่างกาย ความเหนื่อยล้า และความผิดปกติทางความรู้ความเข้าใจ ยานี้ช่วยบรรเทาอาการปวดและปรับปรุงการทำงานทางกายภาพโดยการเพิ่มระดับของ serotonin และ norepinephrine ในสมอง ซึ่งเป็นสารสื่อประสาทที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมความปวดและการคงที่ของอารมณ์ นอกจากนี้ ยังบางครั้งถูกสั่งจ่ายสำหรับภาวะซึมเศร้าขั้นรุนแรง (major depressive disorder: MDD) เนื่องจากกลไกการทำงานแบบคู่ ซึ่งเสริมฤทธิ์ต้านซึมเศร้า ผู้ป่วยมักประสบกับความไวต่อความปวดที่ลดลงและความเป็นอยู่ทางอารมณ์ที่ดีขึ้นจากการใช้ยานี้ โดยทั่วไปให้ทางปากและต้องปรับขนาดยาอย่างระมัดระวังตามการตอบสนองและความทนได้ของแต่ละบุคคล