ไซทาฟลอกซาซิน ไฮเดรต ใช้เป็นยาต้านแบคทีเรียเป็นหลัก โดยมีประสิทธิภาพสูงต่อแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบหลายชนิด มักสั่งใช้รักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ เช่น ปอดบวมและหลอดลมอักเสบ เนื่องจากมีฤทธิ์รุนแรงต่อเชื้อก่อโรคอย่าง Streptococcus pneumoniae และ Haemophilus influenzae นอกจากนี้ ยังใช้จัดการการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะที่เกิดจาก Escherichia coli และเชื้อยูโรพาโธเจนอื่น ๆ ประสิทธิภาพแบบ broad-spectrum ยังเหมาะสำหรับรักษาการติดเชื้อผิวหนังและเนื้อเยื่ออ่อน รวมถึงการติดเชื้อทางเพศสัมพันธ์บางชนิด เช่น หนองในแท้ ไซทาฟลอกซาซิน ไฮเดรต มักเลือกใช้ในกรณีที่เกิดการดื้อยา fluoroquinolone อื่น ๆ เนื่องจากมีโอกาสพัฒนาการดื้อยาต่ำกว่า การใช้ยานี้มักสงวนไว้สำหรับการติดเชื้อรุนแรงหรือซับซ้อน เพื่อรักษาประสิทธิภาพไว้สำหรับกรณีวิกฤต