เจนตามัยซิน C1a ใช้เป็นยาปฏิชีวนะที่มีประสิทธิภาพในการรักษาโรคติดเชื้อที่เกิดจากแบคทีเรียแกรมลบและแกรมบวกบางชนิด มักถูกนำมาใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อรุนแรง เช่น การติดเชื้อในกระแสเลือด การติดเชื้อที่ระบบทางเดินปัสสาวะ และการติดเชื้อที่บาดแผล นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในรูปแบบยาหยอดตาเพื่อรักษาการติดเชื้อที่ตา และในรูปแบบยาทาผิวหนังสำหรับการติดเชื้อที่ผิวหนังอีกด้วย