Bafilomycin A1 ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยเพื่อศึกษากระบวนการเซลล์ โดยเฉพาะในสาขา autophagy ซึ่งเป็นกระบวนการที่เซลล์ย่อยสลายและรีไซเคิลองค์ประกอบที่เสียหายหรือไม่จำเป็น มันทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งที่แรงของ vacuolar-type ATPases (V-ATPases) ซึ่งจำเป็นสำหรับการทำให้กรดของช่องว่างภายในเซลล์ เช่น lysosomes และ endosomes โดยการบล็อกกิจกรรม V-ATPase มันรบกวนการทำงานของ lysosome และป้องกันการย่อยสลายของ autophagic cargo ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าสำหรับการทำความเข้าใจกลไก autophagy นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับมะเร็ง เนื่องจากสามารถเหนี่ยวนำ apoptosis ในเซลล์มะเร็งบางชนิดโดยการแทรกแซงการทำงานของ lysosome Bafilomycin A1 ยังใช้ในจุลชีววิทยาเพื่อตรวจสอบบทบาทของ pH ในการติดเชื้อแบคทีเรียและไวรัส เนื่องจากพยาธิหลายชนิดพึ่งพาสภาพแวดล้อมที่เป็นกรดสำหรับการอยู่รอดและการสืบพันธุ์ ความสามารถในการปรับกระบวนการที่ขึ้นกับ pH ทำให้เป็นสารประกอบที่หลากหลายในชีววิทยาเซลล์และการวิจัยชีวการแพทย์