เบคานามัยซินเป็นยาปฏิชีวนะที่ใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อที่เกิดจากแบคทีเรีย โดยเฉพาะแกรมลบ แต่มีฤทธิ์ต่อแกรมบวกบางชนิด โดยเฉพาะในกรณีที่เชื้อดื้อต่อยาปฏิชีวนะชนิดอื่น มักใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ ระบบทางเดินปัสสาวะ การติดเชื้อที่ผิวหนัง และโรคติดเชื้อในกระแสเลือด

ในสัตวแพทย์ศาสตร์ เบคานามัยซินใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม สัตว์ปีก สัตว์เลี้ยง และปศุสัตว์ เพื่อรักษาสุขภาพและผลผลิตของสัตว์ โดยทั่วไปจะใช้ในรูปแบบฉีดเพื่อให้ยาออกฤทธิ์ได้อย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพสูง

นอกจากนี้ เบคานามัยซินยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเป็นสารเลือกเฉพาะในงานจุลชีววิทยา ช่วยในการแยกและระบุสายพันธุ์แบคทีเรียเฉพาะเจาะจง สนับสนุนการพัฒนายาปฏิชีวนะใหม่และการศึกษากลไกดื้อยา ในด้านเทคโนโลยีชีวภาพ ใช้เป็นตัวเครื่องหมายในการโครงการพันธุกรรม โดยเฉพาะในงานแปลงพันธุ์พืชและจุลินทรีย์

บทบาททั้งในด้านการรักษาและการวิจัยเน้นย้ำถึงความสำคัญของเบคานามัยซินในสาขาจุลชีววิทยาและการแพทย์ อย่างไรก็ตาม ควรใช้ภายใต้การดูแลของแพทย์หรือสัตวแพทย์เพื่อหลีกเลี่ยงผลข้างเคียงและภาวะดื้อยา