นิกโคไมซิน Z ถูกใช้เป็นสารต้านเชื้อรา โดยเฉพาะในการรักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อราที่ดื้อยาหรือรักษายาก เช่น โรคแอสเปอร์จิลโลซิส (aspergillosis) และโรคค็อกซิดิออยโดมัยโคซิส (coccidioidomycosis) สารนี้ทำงานโดยการยับยั้งการสร้างไคทิน ซึ่งเป็นส่วนสำคัญของผนังเซลล์เชื้อรา ทำให้เชื้อราสามารถถูกทำลายได้ง่ายขึ้น นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาวิจัยเพื่อประเมินประสิทธิภาพของนิกโคไมซิน Z ในการรักษาโรคติดเชื้อราอื่น ๆ และการใช้ร่วมกับยาอื่นเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษา