อะโมซิซิลลินโซเดียมใช้กันอย่างแพร่หลายในวงการแพทย์ในฐานะยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด มีประสิทธิภาพต่อโรคต่าง ๆ เช่น การติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ (เช่น หลอดลมอักเสบและปอดบวม), การติดเชื้อที่หูชั้นกลาง, การติดเชื้อไซนัส, การติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ, การติดเชื้อที่ผิวหนัง และการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหารบางชนิดที่เกิดจากแบคทีเรียที่ไวต่อยา เช่น โรคที่เกิดจากเชื้อ Helicobacter pylori ร่วมกับยาอื่น ๆ ในสัตว์แพทย์ ใช้รักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในสัตว์ ยานี้ทำงานโดยยับยั้งการสังเคราะห์ผนังเซลล์ของแบคทีเรีย ทำให้แบคทีเรียถูกทำลาย มักให้ทางปากหรือฉีด ขึ้นอยู่กับความรุนแรงและประเภทของการติดเชื้อ กิจกรรมแบบ broad-spectrum และผลข้างเคียงที่ค่อนข้างต่ำทำให้เป็นยาปฏิชีวนะที่นิยมสั่งใช้ทั้งในมนุษย์และสัตว์