ใช้เป็นยาปฏิชีวนะในกลุ่มซัลฟา เพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในระบบทางเดินอาหาร โดยเฉพาะก่อนการผ่าตัดในลำไส้ เพื่อลดจำนวนแบคทีเรียที่อาจก่อให้เกิดการติดเชื้อหลังการผ่าตัด เนื่องจากซัคซินิลซัลฟาไทอะโซลไม่ถูกดูดซึมจากลำไส้มากนัก จึงออกฤทธิ์เฉพาะที่ในทางเดินอาหาร และมักใช้ร่วมกับยาอื่นเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการฆ่าเชื้อ