ลินโคไมซินเป็นยาปฏิชีวนะที่ใช้ในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะเชื้อแบคทีเรียแกรมบวก เช่น Staphylococcus และ Streptococcus มักใช้ในผู้ป่วยที่แพ้เพนิซิลลินหรือไม่สามารถใช้ยาเบต้า-แลคแทมได้ นิยมใช้รักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ ผิวหนัง และกระดูก รวมถึงการติดเชื้อในช่องปากและทันตกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในสัตวแพทย์เพื่อรักษาการติดเชื้อในสัตว์ โดยเฉพาะสุกร สัตว์ปีก และเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ ลินโคไมซินมีฤทธิ์ยับยั้งการสังเคราะห์โปรตีนของแบคทีเรีย ทำให้ยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อได้ นอกจากนี้ยังเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์คลินดามัยซิน ซึ่งเป็นอนุพันธ์ที่มีฤทธิ์แรงกว่าและมีกิจกรรมต้านจุลินทรีย์ที่กว้างขวางกว่า