Concanamycin A ใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์เป็นตัวยับยั้งที่แรงและจำเพาะต่อ vacuolar-type H⁺-ATPases (V-ATPases) เอนไซม์เหล่านี้มีหน้าที่ในการทำให้ช่องว่างภายในเซลล์เป็นกรด และโดยการยับยั้งพวกเขา Concanamycin A ช่วยให้นักวิจัยศึกษากระบวนการต่างๆ เช่น หน้าที่ของไลโซโซม การเข้าถึงเซลล์โดยมีตัวรับ (receptor-mediated endocytosis) และการขนส่งภายในเซลล์ (intracellular trafficking)

ถูกนำไปใช้อย่างกว้างขวางในชีววิทยาเซลล์และภูมิคุ้มกันวิทยาเพื่อยับยั้งการแปรรูปและนำเสนอแอนติเจน โดยเฉพาะในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับเซลล์เดนไดรติกและแมคโครฟาจ เนื่องจากความสามารถในการรบกวน autophagy โดยป้องกันการรวมตัวของ autophagosome-lysosome จึงถูกใช้ในงานวิจัยมะเร็งเพื่อสำรวจบทบาทของ autophagy ในการรอดชีวิตและการตายของเซลล์มะเร็ง

นอกจากนี้ Concanamycin A แสดงให้เห็นกิจกรรมต้านเชื้อราและต้านปรสิตในแบบจำลองทดลอง ทำให้เป็นสารเครื่องมือในงานวิจัยต้านจุลินทรีย์ อย่างไรก็ตาม ความเป็นพิษของมันจำกัดการใช้ให้อยู่ในงานศึกษา in vitro มากกว่าการนำไปใช้บำบัด