Puromycin dihydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารคัดเลือกในระบบเพาะเลี้ยงเซลล์ มีประสิทธิภาพในการคัดเลือกเซลล์ยูคาริโอติกที่ถูกถ่ายโอนยีนและถูกออกแบบให้มียีนต้านทาน เช่น ยีน pac ซึ่งเข้ารหัส puromycin N-acetyl-transferase เมื่อเติมลงในเพาะเลี้ยงเซลล์ จะฆ่าเซลล์ที่ไม่ต้านทานโดยการยับยั้งการสังเคราะห์โปรตีน โดยเฉพาะอย่างยิ่งโดยการทำให้เกิดการหยุดการแปลก่อนกำหนด (premature termination during translation) ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการพัฒนาเซลล์เสถียร (stable cell line development) การศึกษาการแสดงออกของยีน (gene expression studies) และกระบวนการแก้ไขจีโนม CRISPR/Cas9 การออกฤทธิ์อย่างรวดเร็ว—โดยทั่วไปฆ่าเซลล์ที่ไวภายใน 2–5 วัน—ช่วยให้สามารถคัดเลือกและขยายประชากรเซลล์ที่ต้องการได้อย่างรวดเร็ว ยังใช้ในการคัดเลือกจุลินทรีย์ (microbial selection) และในการศึกษาการเผาผลาญ RNA (RNA metabolism) เนื่องจากโครงสร้างที่คล้ายกับ aminoacyl-tRNA