Ciprofloxacin hydrochloride ใช้อย่างแพร่หลายเป็นยาปฏิชีวนะ broad-spectrum ในทางการแพทย์มนุษย์และสัตวแพทย์ มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด เช่น การติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ ทางเดินปัสสาวะ ทางเดินอาหาร ผิวหนังและเนื้อเยื่ออ่อน กระดูกและข้อ รวมถึงโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์อย่างหนองในแท้ ในสถานการณ์ดูแลผู้ป่วยวิกฤต ใช้จัดการการติดเชื้อในผู้ป่วยภูมิคุ้มกันบกพร่อง นอกจากนี้ ยังใช้ในจักษุวิทยาเป็นยาหยอดตาเพื่อรักษาการอักเสบเยื่อบุตาและแผลที่กระจกตา ความสามารถในการซึมผ่านเนื้อเยื่อทำให้เป็นตัวเลือกที่เหมาะสมสำหรับการรักษาการติดเชื้อระบบ ในทางสัตวแพทย์ ใช้รักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในสัตว์ รวมถึงปศุสัตว์และสัตว์เลี้ยง นอกจากนี้ยังใช้ในการป้องกันการติดเชื้อในผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงสูงหลังการผ่าตัด ยานี้มีประสิทธิภาพต่อต้านแบคทีเรียแกรมลบและแกรมบวกบางชนิด โดยมักใช้เมื่อเชื้อดื้อต่อยาปฏิชีวนะชนิดอื่น ๆ ควรใช้ตามคำแนะนำของแพทย์เพื่อหลีกเลี่ยงผลข้างเคียงและการดื้อยา