Chromomycin A₃ ใช้หลักๆ ในชีววิทยาโมเลกุลและเซลล์พันธุศาสตร์เป็นสีย้อมเรืองแสงสำหรับย้อมสี DNA โดยจับเฉพาะกับบริเวณ GC-rich ของ DNA ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าต่อเทคนิคการแบนดิ้งโครโมโซม เช่น G-banding ซึ่งช่วยในการระบุความผิดปกติของโครโมโซมและศึกษาความผิดปกติทางพันธุกรรม นอกจากนี้ ยังถูกสำรวจสำหรับศักยภาพในการวิจัยมะเร็งเนื่องจากความสามารถในการยับยั้งการสังเคราะห์ RNA โดยการโต้ตอบกับ DNA แสดงถึงความเป็นไปได้เป็นยาต้านมะเร็ง คุณสมบัติเรืองแสงของมันยังทำให้มีประโยชน์ใน flow cytometry และ fluorescence microscopy สำหรับวิเคราะห์ปริมาณ DNA ในเซลล์และศึกษาการเปลี่ยนแปลงของวัฏจักรเซลล์