โทซูฟลอกซาซินใช้ในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด เช่น การติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ, ระบบทางเดินปัสสาวะ, และผิวหนัง เนื่องจากเป็นยาปฏิชีวนะกลุ่มควิโนโลนที่มีประสิทธิภาพสูงในการยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย มักถูกสั่งจ่ายโดยแพทย์เมื่อการติดเชื้อไม่ตอบสนองต่อยาปฏิชีวนะชนิดอื่น หรือเมื่อผู้ป่วยมีข้อจำกัดในการใช้ยาชนิดอื่น นอกจากนี้ยังใช้ในการป้องกันการติดเชื้อหลังการผ่าตัดในบางกรณี อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างเคร่งครัดเพื่อหลีกเลี่ยงผลข้างเคียงและภาวะดื้อยา