วานโคมัยซิน แอกลัยคอน เป็นสารที่มีบทบาทสำคัญในการวิจัยและพัฒนายาปฏิชีวนะ ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์วานโคมัยซิน ซึ่งเป็นยาปฏิชีวนะที่มีประสิทธิภาพสูงในการรักษาเชื้อแบคทีเรียที่ดื้อยาหลายชนิด โดยเฉพาะเชื้อ Staphylococcus aureus ที่ดื้อยาเมทิซิลลิน (MRSA) นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อปรับปรุงโครงสร้างของวานโคมัยซิน แอกลัยคอน เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยา งานวิจัยในด้านนี้ยังช่วยในการพัฒนายาต้านแบคทีเรียรุ่นใหม่ที่มีความเฉพาะเจาะจงและประสิทธิภาพสูงขึ้นอีกด้วย