ไฟดาโซมิซินใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อในลำไส้ที่เกิดจากแบคทีเรีย Clostridioides difficile ซึ่งเป็นสาเหตุของอาการท้องร่วงรุนแรงและลำไส้อักเสบ โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่การรักษาด้วยยาอื่นๆ ไม่ได้ผลหรือมีอาการกลับมาเป็นซ้ำ ไฟดาโซมิซินช่วยลดการเจริญเติบโตของแบคทีเรียชนิดนี้โดยไม่ทำลายแบคทีเรียที่ดีในลำไส้ จึงช่วยฟื้นฟูสมดุลของระบบทางเดินอาหารได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้เพื่อป้องกันการกลับมาเป็นซ้ำของโรคในผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงสูงอีกด้วย