ไดออกซี่ไซคลินมอนโฮไดรต์ใช้กันอย่างแพร่หลายในวงการแพทย์ในฐานะยาปฏิชีวนะสำหรับรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ ระบบทางเดินปัสสาวะ และภาวะผิวหนัง เช่น สิวและโรซาเซอา นอกจากนี้ ยังสั่งใช้สำหรับรักษาโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ เช่น หนองในเทียมและหนองใน ยังใช้ป้องกันและรักษาโรคมาลาเรียสำหรับผู้เดินทางไปยังพื้นที่ระบาด รวมถึงใช้ในยาสัตว์เพื่อรักษาการติดเชื้อในสัตว์ คุณสมบัติต้านแบคทีเรียแบบ broad-spectrum ทำให้เป็นตัวเลือกการรักษาที่หลากหลายทั้งในมนุษย์และสัตว์