เจมิฟลอกซาซินเมซิเลตใช้หลักในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ เช่น การกำเริบเฉียบพลันของโรคหลอดลมอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรียและโรคปอดบวมที่ได้จากชุมชน สารประกอบนี้ทำงานโดยยับยั้งการสังเคราะห์ดีเอ็นเอของแบคทีเรีย ทำให้หยุดการเจริญเติบโตและการแพร่กระจายของแบคทีเรียที่เป็นอันตราย มักถูกสั่งใช้เมื่อยาปฏิชีวนะอื่นๆ ไม่ได้ผลเนื่องจากความต้านทานของแบคทีเรีย กิจกรรมสเปกตรัมกว้างทำให้เหมาะสำหรับกำหนดเป้าหมายแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบหลายชนิด ผู้ป่วยควรรับประทานยาครบกำหนดเพื่อให้มั่นใจว่าการติดเชื้อถูกกำจัดอย่างสมบูรณ์และป้องกันการพัฒนาความต้านทานยาปฏิชีวนะ