คลินดามัยซินเป็นยาปฏิชีวนะที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในวงการแพทย์ในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด โดยมีประสิทธิภาพสูงต่อแบคทีเรียที่ไม่ใช้ออกซิเจน และมักถูกสั่งใช้สำหรับการติดเชื้อที่ผิวหนัง เช่น สิว หนังอักเสบ และฝี นอกจากนี้ยังใช้รักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ รวมถึงปอดบวมและฝีในปอด รวมถึงการติดเชื้อในช่องท้องและอุ้งเชิงกราน คลินดามัยซินยังใช้ในขั้นตอนทันตกรรมเพื่อป้องกันหรือรักษาการติดเชื้อที่อาจเกิดจากการผ่าตัดในช่องปาก ในบางกรณี ใช้เป็นทางเลือกสำหรับผู้ป่วยที่แพ้เพนิซิลลิน ความสามารถในการซึมผ่านเนื้อเยื่อกระดูกทำให้มีประโยชน์ในการรักษาการติดเชื้อกระดูกและข้อต่อ เช่น โรคกระดูกอักเสบ นอกจากนี้ คลินดามัยซินบางครั้งถูกใช้ร่วมกับยาอื่นเพื่อจัดการภาวะรุนแรง เช่น กลุ่มอาการช็อกจากพิษและมาลาเรีย