ฟรักซิดินมีการใช้ในด้านการแพทย์และเภสัชกรรมเป็นหลัก โดยเฉพาะในฐานะสารต้านอนุมูลอิสระที่ช่วยลดความเสียหายของเซลล์จากอนุมูลอิสระ ซึ่งอาจช่วยป้องกันโรคเรื้อรังบางชนิด เช่น โรคหัวใจและโรคมะเร็ง นอกจากนี้ ฟรักซิดินยังแสดงฤทธิ์ต้านการอักเสบ ทำให้มีศักยภาพในการใช้รักษาภาวะอักเสบเรื้อรัง รวมถึงมีงานวิจัยบางชิ้นที่ระบุถึงฤทธิ์ในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งในระดับหลอดทดลอง จึงเป็นที่น่าสนใจในการพัฒนายาใหม่ในอนาคต