เดอออกซีอะโคนิทีนเป็นที่รู้จักหลักจากพบในพืชมีพิษบางชนิด โดยเฉพาะในสกุล Aconitum ซึ่งเรียกกันทั่วไปว่า monkshood หรือ wolfsbane การประยุกต์ใช้หลักอยู่ในยาแผนโบราณ ซึ่งถูกใช้ในรูปแบบที่ควบคุมและแปรรูปอย่างเข้มงวดสำหรับวัตถุประสงค์ระงับปวดและต้านการอักเสบ ในระบบแผนโบราณบางระบบ ถูกนำมาใช้รักษาอาการปวดเรื้อรัง โรคข้ออักเสบ และ neuralgia อย่างไรก็ตาม เนื่องจากมีพิษสูงและช่วงรักษาที่แคบ การใช้จึงจำกัดมากและต้องมีการเตรียมโดยผู้เชี่ยวชาญเพื่อลดผลกระทบที่เป็นอันตราย

ในเภสัชวิทยาสมัยใหม่ เดอออกซีอะโคนิทีนใช้เป็นเครื่องมือวิจัยในการศึกษาการทำงานของช่องโซเดียมในเซลล์ประสาทและกล้ามเนื้อ เนื่องจากมันปรับการทำงานของช่องโซเดียมที่ควบคุมด้วยแรงดันไฟฟ้า ซึ่งส่งผลต่อความตื่นตัวของเซลล์ประสาท คุณสมบัตินี้ทำให้มีคุณค่าในประสาทวิทยาศาสตร์สำหรับการทำความเข้าใจพฤติกรรมของช่องไอออนและกลไกของ neurotoxicity แม้จะมีกิจกรรมทางชีวภาพ แต่ไม่ใช้ในยาหลักกระแสเนื่องจากปัญหาด้านความปลอดภัย

ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาฤทธิ์ต่อระบบประสาทและกล้ามเนื้อ โดยเฉพาะการศึกษาผลกระทบต่อช่องไอออนโซเดียมในเซลล์ประสาท ซึ่งช่วยให้เข้าใจกลไกของพิษที่มีผลต่อระบบประสาทส่วนกลางและระบบกล้ามเนื้อเรียบ นิยมใช้ในปริมาณต่ำมากในการทดลองในห้องปฏิบัติการเพื่อสังเกตการเปลี่ยนแปลงของศักย์ไฟฟ้าในเซลล์ ไม่ใช้ในทางการแพทย์โดยตรงเนื่องจากมีพิษรุนแรงและมีช่วงปลอดภัยแคบมาก