ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยาที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบ เนื่องจากโครงสร้างของมันคล้ายกับสารกลุ่มนาโพรกซิน ซึ่งเป็นยาแก้ปวดและลดการอักเสบชนิดไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) จึงมีการนำมาใช้พัฒนาสารใหม่ที่อาจมีประสิทธิภาพสูงขึ้นหรือผลข้างเคียงน้อยลง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านฟลูออเรสเซนซ์ เนื่องจากโครงสร้างนาฟทาลีนสามารถเรืองแสงได้ ทำให้เหมาะสำหรับการติดตามปฏิกิริยาทางเคมีหรือการศึกษาในระบบชีวโมเลกุล