2,3,4,5,6-Pentafluoroaniline ใช้หลัก ๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรกรรม โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาส่วนประกอบที่ใช้งานได้ โครงสร้างฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของสารประกอบขั้นสุดท้าย นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเฉพาะทาง รวมถึงสีย้อมและเม็ดสี ซึ่งคุณสมบัติพิเศษช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพและความทนทาน ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ ใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบ ให้ความต้านทานที่เพิ่มขึ้นต่อความร้อน สารเคมี และการผุกร่อน การประยุกต์ใช้ยังขยายไปยังอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์ ซึ่งใช้ในการผลิตส่วนประกอบที่ต้องการความเสถียรทางความร้อนและเคมีสูง