N-Boc-4-chloro-3-fluoroaniline ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ต่างๆ สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน เนื่องจากมีกลุ่มป้องกัน Boc ที่ปกป้องกลุ่มอะมีนในระหว่างปฏิกิริยาหลายขั้นตอน ตัวแทนย่อยคลอโรและฟลูออโรทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ เช่น สารต้านจุลินทรีย์หรือสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตรและเคมีภัณฑ์ละเอียดอื่นๆ โดยโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยสนับสนุนคุณสมบัติที่ต้องการของผลิตภัณฑ์สุดท้าย