4-Fluoro-2-morpholinoaniline ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างที่ประกอบด้วยทั้งกลุ่มมอร์โฟลินและฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในพัฒนายับยั้ง kinase ซึ่งสำคัญในการรักษามะเร็งและโรคอักเสบ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในเคมียารักษาโรค