4-Fluoro-3-methoxyaniline ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษาโรค มันมีบทบาทในการพัฒนาเคมีเกษตร โดยช่วยในการสร้างสารกำจัดศัตรูพืชและสารกำจัดวัชพืช นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์สำหรับการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนและในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีที่เกี่ยวข้องกับอะโรมาติกเอมีน การประยุกต์ใช้ของมันยังขยายไปถึงอุตสาหกรรมสีย้อม ซึ่งช่วยในการผลิตสีย้อมและเม็ดสีเฉพาะทาง