3-Chloro-5-fluoroaniline ถูกใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งหมู่คลอโรและฟลูออโร ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันถูกนำมาใช้ในการผลิตยาที่เล็งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ โดยมักมีส่วนช่วยในการสร้างโมเลกุลที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรสูงขึ้น ในด้านสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารกำจัดวัชพืช สารกำจัดเชื้อรา และสารกำจัดแมลง โดยคุณสมบัติทางเคมีช่วยในการออกแบบสารที่มีกิจกรรมและความคงตัวที่ดีขึ้น นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยอินทรีย์เพื่อพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ ที่มีศักยภาพในการใช้ในอุตสาหกรรมหรือการบำบัด