3-Fluoro-5-methoxyaniline ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเคมีภัณฑ์ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่ฟลูออรีนและเมทอกซี ซึ่งสามารถปรับปรุงคุณสมบัติทางกายภาพและเคมีของสารเป้าหมายได้ ตัวอย่างเช่น มันอาจถูกใช้ในการผลิตยาที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านการอักเสบหรือยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ ๆ เพื่อศึกษาปฏิกิริยาและการเกิดพันธะเคมีที่เฉพาะเจาะจงอีกด้วย