3-Aminophenylacetylene HCl ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ รวมถึงตัวยับยั้งและยารักษา โครงสร้างของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่หลากหลาย เช่น การจับคู่ Sonogashira ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีคุณสมบัติทางการแพทย์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมและโพลิเมอร์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาวิทยาศาสตร์วัสดุ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการวิจัย ที่ซึ่งใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและเส้นทางใหม่ๆ