5-Bromo-3-fluoro-2-methylaniline ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีเกษตร มันมักถูกนำไปใช้ในการผลิตยาต้านเชื้อแบคทีเรียและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของยาได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารกำจัดศัตรูพืชและสารเคมีป้องกันพืช ซึ่งช่วยเพิ่มผลผลิตทางการเกษตรได้อย่างมีประสิทธิภาพ