2-Morpholino-5-(trifluoromethyl)aniline ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังพื้นที่บำบัดรักษาต่างๆ กลุ่ม trifluoromethyl ของมันช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของโมเลกุลที่ได้ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น โครงสร้างแหวน morpholino ยังช่วยเพิ่มความละลายและ bioavailability ของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์