3-Fluoro-2-methoxy-5-methylaniline ใช้หลัก ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ต่าง ๆ ในเภสัชกรรม ใช้ในการพัฒนายาที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาท การอักเสบ และมะเร็งบางชนิด เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่ช่วยเพิ่มความสามารถในการจับและความเลือกสรร ในเกษตรเคมี มีบทบาทในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม โครงสร้างทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ยังมีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อผลิตโมเลกุลซับซ้อนในงานวิจัยและอุตสาหกรรม