อะม็อกซีซิลลิน ไตรไฮเดรตใช้ในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด เช่น การติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจส่วนบนและส่วนล่าง การติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ การติดเชื้อที่ผิวหนังและเนื้อเยื่ออ่อน และการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาโรคกระเพาะอาหารและลำไส้อักเสบที่เกิดจากเชื้อ Helicobacter pylori ร่วมกับยาอื่นๆ ยานี้ยังสามารถใช้ในการป้องกันการติดเชื้อหลังการผ่าตัดบางชนิดได้อีกด้วย อะม็อกซีซิลลิน ไตรไฮเดรตเป็นยาปฏิชีวนะที่ออกฤทธิ์กว้างและมีประสิทธิภาพสูงในการกำจัดเชื้อแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบหลายชนิด