อะโมซิซิลลินไตรไฮเดรตใช้กันอย่างแพร่หลายในวงการแพทย์ในฐานะยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ เช่น โรคปอดบวมและหลอดลมอักเสบ รวมถึงการติดเชื้อในหู จมูก และคอ เช่น ไซนัสอักเสบและหูชั้นกลางอักเสบ นอกจากนี้ ยังสั่งใช้สำหรับการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ การติดเชื้อที่ผิวหนัง และการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหารบางชนิดที่เกิดจาก Helicobacter pylori มักใช้ร่วมกับยาอื่นๆ

ในทางการแพทย์สัตว์ ก็ใช้ในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในสัตว์ รวมถึงปศุสัตว์และสัตว์เลี้ยง กิจกรรมแบบ broad-spectrum ทำให้เป็นตัวเลือกทั่วไปในการต่อสู้กับแบคทีเรีย Gram-positive และบาง Gram-negative

อะโมซิซิลลินไตรไฮเดรตมักถูกเลือกเนื่องจากความเสถียร ชีวเภสัชจลนศาสตร์ และอัตราการเกิดผลข้างเคียงที่ต่ำ ทำให้เป็นการรักษาขั้นแรกในหลายสถานการณ์ทางคลินิก มีให้ในรูปแบบต่างๆ เช่น ยาเม็ด แคปซูล และสารแขวนรับประทาน เพื่อรองรับความต้องการของผู้ป่วยที่แตกต่างกัน ยานี้ช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียโดยการป้องกันการสร้างผนังเซลล์ของแบคทีเรีย ทำให้แบคทีเรียไม่สามารถดำรงชีวิตและแพร่พันธุ์ได้