ไมโคฟีโนลิกแอซิดถูกใช้เป็นสารกดภูมิคุ้มกันในผู้ป่วยที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ เช่น ไต หัวใจ หรือตับ เพื่อป้องกันการปฏิเสธอวัยวะใหม่ โดยยับยั้งการแบ่งตัวของเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิด T และ B ซึ่งเป็นส่วนสำคัญของการตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน สิ่งนี้ช่วยลดความเสี่ยงที่ร่างกายจะโจมตีอวัยวะที่ปลูกถ่าย

นอกจากการใช้ในทางการแพทย์การปลูกถ่ายแล้ว ไมโคฟีโนลิกแอซิดยังถูกนำมาใช้ในการรักษาโรคภูมิต้านทานตนเองบางชนิด เช่น โรคลูปัสและสะเก็ดเงิน โดยช่วยปรับสมดุลระบบภูมิคุ้มกันที่ทำงานเกินปกติ ความสามารถในการกดการทำงานของภูมิคุ้มกันทำให้เป็นยาที่มีคุณค่าต่อการจัดการโรคที่มีการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันมากเกินไป

นอกจากนี้ ไมโคฟีโนลิกแอซิดยังถูกศึกษาวิจัยในด้านโรคผิวหนังสำหรับรักษาโรคผิวหนังรุนแรง และในด้านจักษุวิทยาสำหรับจัดการโรคตาที่เกี่ยวข้องกับภูมิต้านทานตนเอง คุณสมบัติกดภูมิคุ้มกันถูกนำมาใช้เพื่อควบคุมการอักเสบและป้องกันความเสียหายของเนื้อเยื่อในสาขาเฉพาะทางเหล่านี้ โดยมักใช้ร่วมกับยาอื่นๆ เช่น คอร์ติโคสเตียรอยด์และไซโคลสปอริน