Doxycycline hyclate ใช้อย่างแพร่หลายในฐานะยาปฏิชีวนะในการรักษาโรคติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ เช่น โรคปอดอักเสบ และหลอดลมอักเสบ รวมถึงการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะและโรคติดเชื้อทางเพศสัมพันธ์ เช่น คลามีเดียและหนองใน นอกจากนี้ ยังสั่งจ่ายสำหรับการติดเชื้อที่ผิวหนัง รวมถึงสิวและโรซาเซอ เนื่องจากความสามารถในการลดการอักเสบและควบคุมการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย

ยาปฏิชีวนะนี้ยังใช้ในการรักษาโรค Lyme โดยเฉพาะในระยะเริ่มต้น และมีประสิทธิภาพต่อโรคที่ติดเชื้อจากเห็บบางชนิด ในบางกรณี ใช้เป็นยาป้องกันเพื่อป้องกันมาลาเรียในผู้เดินทางไปยังพื้นที่ที่มีโรคระบาด

Doxycycline hyclate มักเลือกใช้เนื่องจากมีกิจกรรมแบบ broad-spectrum และสามารถซึมผ่านเนื้อเยื่อได้ดี ทำให้เป็นตัวเลือกที่หลากหลายทั้งในสถานการณ์ทางคลินิกและการป้องกัน คุณสมบัติต้านการอักเสบยังขยายการใช้งานในการจัดการภาวะเช่น โรคเหงือกอักเสบและโรคอักเสบเรื้อรังบางชนิด